Mokykloje veikia mokinių savivaldos institucijos: Mokinių taryba ir Gimnazijos mokinių prezidentas.
Mokinių taryba – mokinių savivaldos institucija, kuri atstovauja Veiverių Tomo Žilinsko gimnazijos mokinių interesams.
Mokinių tarybą sudaro 5–8 ir Ig–IVg klasių mokinių atstovai, kurie renkami klasėse.
Mokinių taryba renkama vienerių metų kadencijai.
Mokinių tarybai vadovauja Gimnazijos mokinių prezidentas, kuris už savo ir mokinių tarybos veiklą atsiskaito visuotiniame mokinių susirinkime.
Mokinių kandidatu į prezidentus gali tapti Ig–IVg klasių pavyzdingo ir gero elgesio mokinys. Gimnazijos prezidentą renka 5–8 ir Ig–IVg klasių mokiniai vieneriems metams, remdamiesi visuotine ir lygia rinkimų teise, slaptu balsavimu.
Išrinktu laikomas tas kandidatas, kuris surinko ne mažiau kaip 50 proc. + 1 rinkėjų balsų.
Šiuo metu Gimnazijos mokinių prezidentu išrinktas IIIg klasės mokinys Vitas Kučinskas.